帕布莉卡以前，天下各处都建有孔庙（文庙），以纪念孔子。孔庙中处于“配享从祀”地位的，是孔子的弟子以及后世对儒学有重大贡献的人，按等级分为四配、十二哲、先贤、先儒等。跻身其中，是中国儒生的最高荣誉。薛瑄是明代第一位“从祀孔庙”的大儒，其位置在东庑第59位，称“先儒薛子”。
“孔庙从祀”事关重大，薛瑄去世之初就有人提出建议，但一直申请、争论了一百多年，到隆庆五年才形成定论。
薛瑄是明英宗天顺八年六月十五去世的，之后朝廷给予了相当规格的封赠。但一部分士大夫认为，普通的封赠不足以表彰薛瑄在儒学方面的贡献，建议将薛瑄“从祀”于孔庙。国子监助教李伸上奏说：
瑄潜心体道，笃志力行，所著读书录河汾集诸书，足以发明往圣，垂惠后学……
山东济南府知府陈铨也表达了类似的看法。成化元年，内阁首辅李贤发表了自己的看法，他说：
有传道之大功者，然后可享天下之通祀。苟非道足以继往哲，言足以淑来世，则人心有所不服。今虽幸进，后必有举而黜之者矣。请会本院儒臣公议其当。
意思是“从祀孔庙”这件事情太过重大，一定要慎重。不能轻易批准，也不能轻易否决，建议召集儒臣公开讨论。但一讨论，否定的意见就占了上风。太常寺少卿兼侍讲学士刘定之说：
薛学士瑄，直躬慕古，谈道淑徒，进无附丽，退不慕恋。勤学好问，可谓文矣；归洁其身，可谓清矣。是以荐蒙圣知，殁赐美谥，其为一代名臣，夫何间然？然论其于道所得，以与朱子诸徒相比，并若黄干辅广之亲承微言，金履祥许谦之推衍诸说，尚未知可伯仲其间否也。而遽言从祀，窃恐世之君子，将以建言者为非愚则谀，孰敢和附其说哉？故愚以为瑄可无施行。
刘定之首先充分肯定了薛瑄的成就，说他是响当当的一代名臣，毫无疑义。但在儒学贡献方面，却是明显不足的。他说，薛瑄学无师承，没有得到前代大儒的口传心授，也没有自己的著述作品，对儒学思想没有创新发展。他还讽刺说，提建议的人要么是太愚蠢，要么是想拍某人的马屁。
拍马屁云云，大概是暗指李贤。李贤是内阁大学士兼吏部尚书，执掌朝政。他是薛瑄最好的朋友，也有师友之谊。提建议让薛瑄从祀孔庙的人，有可能是在拍李贤的马屁。
刘定之说薛瑄无师承、无著述、无创新，是有一定事实依据的。这种言论一出，短时期内就不再有人提“从祀”的事了。
二十多年后，明宪宗去世，明孝宗即位。
弘治元年三月，南京兵部主事娄性又提出了建议。但娄性要求太多，推荐太广，不仅给皇帝推荐了好几位老师，还建议同时把宋濂、吴与弼、杨士奇、薛瑄、吴讷等人一起“从祀孔庙”。
朝廷采纳了其中一部分建议，但“从祀”的事没有答应。
到了这年八月，礼科给事中张九功又提出建议，说荀子、扬雄、马融、王弼等人思想不正确，应该从孔庙撤出来，而应该把本朝的薛瑄加进去。翰林院侍讲学士程敏政也建议整理孔庙祭祀，调整某些人，加进薛瑄。
这几个建议又一次引发朝中儒臣的大讨论，礼部尚书周洪谟汇总讨论意见，仍然以刘定之的观点为准，否决了薛瑄“从祀”的提议。
弘治九年十二月，刑科给事中杨廉上疏，退而求其次，请求在家乡给薛瑄建祠纪念，并公开发行薛瑄的著作。他评价薛瑄说：
学识纯明，操守固完。蚤岁闻讲性理诸书，即焚其所为诗文，一意于宋诸儒之学。凡其微词奥义，靡不精究。修己教人，惟以复性为务。晚年造诣益高，进退之际，大节尤伟。平生所著有读书录，皆积年致思之所得，有益学者。
这个要求不算高，礼部很快就有了赞同意见，并建议把薛瑄的《读书录》给皇帝和太子各一部，以供学习，另取一部发到福建重刻重印。明孝宗批复说：
薛瑄以性理之学，继宋诸儒后，实我朝名儒。卿等奏欲建祠秩祀并刊行文集，悉准行。其祠额特名正学。
这样，家乡河津县给薛瑄修建了祠堂，并被皇帝赐名为正学祠。薛瑄的著作《读书录》，也得以公开发行全国，有了更大的影响。
弘治十二年十月，刑科给事中吴世忠又提出新的建议，请求把程朱理学的一批重要人物，包括薛瑄在内，“从祀”于各自的乡学。其中几位贡献大的，可以“从祀”到郡学。这个建议丝毫不过分，朝廷没有经过讨论就同意了。
又过了很多年，明世宗嘉靖二年，延绥巡抚姚镆建议将薛瑄“从祀孔庙”，皇帝下令让礼部讨论，但没有结果。
嘉靖十九年，御史杨瞻、樊得仁再次提出“从祀”建议。朝中儒臣讨论表决，有二十三人赞同，一人反对。另有两人建议缓行，一人建议服从多数。从形势上讲，赞同者已占绝大多数，但仍有少数反对意见，明世宗赞同了缓行的建议，他说：
圣贤道学不明，士趋流俗，朕深有感，薛瑄能自振起，诚可嘉尚，但公论久而后定，宜候将来。
到明穆宗隆庆元年六月，赵輄、周弘祖推举薛瑄，耿定向推举王守仁“从祀”。这时，基本上是一致赞同了，但因为加了王守仁，不得不再次慎重。礼部向皇帝汇报说：
臣等谨考侍郎薛瑄潜心理道，励志脩为。言虽不专于著述，而片言只简，动示楷模；心虽不系于事功，而伟绩恢猷，皆可师法。尚书王守仁质本超凡，理由玅悟。学以致良知为本，独观性命之原；教以勤讲习为功，善发圣贤之旨。此二臣者，皆百年之豪杰，一代之儒宗，确乎能翊赞圣学之传矣。然瑄则相去百年，舆论共服，先朝科道诸臣建言上请，累十余疏，而儒臣献议与瑄者十居八九，世宗皇帝亦嘉瑄能自振起，然犹谓公论久而后明，宜俟将来。若守仁则世代稍近，恐众论不一……
隆庆元年十月，户科给事中魏时亮上疏，建议将薛瑄、陈献章、王守仁三人从祀孔庙。礼部再次讨论，没有形成结果。大致上说，薛瑄“从祀”已成定论，但陈献章王守仁因为时代太近，还需要考察几年。
隆庆五年，薛瑄“从祀”的时机终于成熟。给事中韩楫、御史马三乐等人提出建议，礼部给出了赞同的结论，并写出了朝廷对薛瑄的最终评价：
瑄山西河津县人，方幼年，一见濂洛诸书，即叹曰此学道正脉也。遂弃去词赋，专心于是。
其学以复性为的，以居敬穷理为功，以反躬践履为实。潜心体玩，至老弥精，充养之纯，超然自得，此其学问之大原也。
平生言动举止，悉合于矩，辞受取与，一揆诸义。居家则孝友无间，与人则乐易可亲，中正足以矫枉律偏，刚直足以廉顽立懦，此其行履之大略也。
所著有《读书录》，有《河汾集》，虽不专以述作为事，而只简片言皆可师法，微词奥义悉合圣谟。至今学者，莫不尊信而诵习之，此其著述之大旨也。
至于立朝行己之际，不折节于权门，不谢恩于私室，不屈法于贵近，不慑志于临刑，荣辱不以关其心，死生无以易其操，此其树立之大节也。
故一时信从者，有河东夫子之称，一代真儒之许，至今无异议焉。
间有疑其著述之寡者，不知学贵心得，道在躬行，矧瑄所著书且十余万言，不为不多，又有言宋时罗从彦，李侗诸儒尚未遍祀，瑄不应独祀者，不知从彦等皆讲求圣学于大明之日，而瑄乃兴起于既绝之后，课其难易，功实倍之。
对于刘定之以前所说的薛瑄无著述无创新的观点，礼部的评价给予了反驳，说“学贵心得，道在躬行”，应该以实践为准绳。另外，薛瑄的《读书录》十余万字，著述也不能算少。至于刘定之所说的薛瑄学无师承，没有口传心授，因为明代诸儒都是自学成材的，所以这时候就不再提了。
隆庆五年九月，朝廷正式下诏，故礼部侍郎薛瑄从祀孔子庙廷。这时，距薛瑄去世已经107年了。
《万历野获编》介绍过薛瑄“从祀”的一些内幕，说六科给事中韩楫与薛瑄同乡，又是内阁首辅高拱的第一心腹门生，他的建议高拱会立即批准，明穆宗也绝无反对意见。薛瑄“从祀”的事，就在老乡和粉丝的推动下，顺利办成了。话虽如此，薛瑄最终能够“从祀孔庙”，主要还是因为自己的儒学成就、人格魅力，以及门生弟子、河东学派的影响力。
